വിഴിഞ്ഞം സമര സമിതിക്കും പ്രക്ഷോഭത്തിനും പിന്നില് പ്രവര്ത്തിക്കുന്നത് വിദേശ ശക്തികളെന്ന് രഹസ്യാന്വേഷണ ഏജന്സികള്. ഇന്ത്യയില് നിരോധിക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്നത് ഉള്പ്പെടെ ഏഴോളം സംഘടനകളാണ് തുറമുഖ വിരുദ്ധ സമരത്തില് പിന്നിലെന്നും ഇത് അന്താരാഷ്ട്ര ഗൂഡാലോചനയാണെന്നും രഹസ്യാന്വേഷണ ഏജന്സികള് റിപ്പോര്ട്ട് നല്കിയിട്ടുണ്ട്. സംസ്ഥാന ഇന്റലിജന്സും സമാനമായ റിപ്പോര്ട്ടാണ് മുഖ്യമന്ത്രിക്ക് നല്കിയിരിക്കുന്നത്.
അന്താരാഷ്ട്ര തലത്തില് പ്രവര്ത്തിക്കുന്ന പല രാജ്യങ്ങളിലും നിരോധിക്കപ്പെട്ട ചില തീവ്ര പരിസ്ഥിതി സംഘടനകള്, ഇന്ത്യയില് നിരോധിച്ച പോപ്പുലര് ഫ്രണ്ട്, തീവ്ര ഇടതുസംഘടകള് ,മാവോയിസ്റ്റ് ഫ്രണ്ടിയര് ഓര്ഗനൈസേഷന് എന്നിവയുടെ സംയുക്ത നീക്കങ്ങളാണ് വിഴിഞ്ഞം പൊലീസ് സ്റ്റേഷന് ആക്രമണത്തിന്റെ പിന്നിലെന്നും ഇന്റലിജന്സ് ഏജന്സികള് കരുതുന്നു. അത് കൊണ്ടാണ് ഇന്ന് തന്നെ ദേശീയ അന്വേഷണ ഏജന്സിയുടെ സംഘം തിരുവനന്തപുരത്തെത്തിയതും അന്വേഷണം സജീവമാക്കിയതും.
വളരെക്കാലം ഡല്ഹിയില് പ്രവര്ത്തിച്ചിരുന്ന തിരുവനന്തപുരം അതിരൂപതാ വികാരി ജനറല് യൂജിന് പെരേരെയാണ് ഈ സംഘടനകളും പ്രവര്ത്തനങ്ങള് ഏകോപിപ്പിക്കുന്നതെന്നാണ് ഇന്റലിജന്സ് വൃത്തങ്ങള് സൂചിപ്പിക്കുന്നത്. ഡല്ഹിയിലെ സി ബി സി ഐ ആസ്ഥാനത്ത് വളരെക്കാലമുണ്ടായിരുന്ന യൂജിന് പെരേരക്ക് വിദേശ സംഘടനകളുമായി ബന്ധമുണ്ടെന്നും കേന്ദ്ര സംസ്ഥാന ഇന്റലിജന്സ് കരുതുന്നു. കൂടുംകുളം സമര സമിതി നേതാവ് ഡോ ഉദയകുമാറിന്റെ പങ്കും ഇക്കാര്യത്തില് ഇന്റലിജന്സ് വൃത്തങ്ങള് അന്വേഷിക്കുന്നുണ്ട്. കൂടുംകുളം സമരത്തിന് സഹായം നല്കിയ അതേ സംഘടനകളാണ് വിഴിഞ്ഞം പ്രക്ഷോഭത്തിന് പിന്നിലെന്നും രഹസ്യന്വേഷണ ഏജന്സികള് പറയുന്നു.ഡി ഐ ജി നിശാന്തിനിയുടെ നേതൃത്വത്തില് വിഴിഞ്ഞത്തിനായി പ്രത്യേക ടാസ്ക് ഫോഴ്സ് രൂപീകരിച്ചത് തീവ്രവാദ ശക്തികളുടെ വിഴിഞ്ഞം സമരത്തില് ഇടെപെട്ടത് കൊണ്ടാണെന്നാണ് സര്ക്കാരിന്റെ വാദം.