മസ്ജിദ് നിര്മ്മിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് ഗ്യാന്വാപി പള്ളിയുടെ സ്ഥാനത്ത് ഒരു ഹിന്ദു ക്ഷേത്രം ഉണ്ടായിരുന്നുവെന്ന് ആര്ക്കിയോളജിക്കല് സര്വ്വേ ഓഫ് ഇന്ത്യയുടെ റിപ്പോര്ട്ട്. മുഗള് ചക്രവര്ത്തിയായ ഔറംഗസീബിന്റെ ഭരണകാലത്ത് പതിനേഴാം നൂറ്റാണ്ടില് നിലനിന്നിരുന്ന കെട്ടിടം നശിപ്പിക്കപ്പെട്ടതായാണ് റിപ്പോര്ട്ടില് പറയുന്നത്. ദേവനാഗരി, തെലുങ്ക്, കന്നഡ, മറ്റ് ലിപികളില് എഴുത്തുകളുള്ള പുരാതന ഹിന്ദു ക്ഷേത്രത്തിന്റെ അവശേഷിപ്പുകള് കണ്ടെത്തിയതായും റിപ്പോര്ട്ടില് പരാമര്ശമുണ്ട്. ലിഖിതങ്ങളില് ജനാര്ദ്ദനന്, രുദ്രന്, ഉമേശ്വരന് എന്നിങ്ങനെ മൂന്ന് പേരുകള് ഉണ്ടെന്നും റിപ്പോര്ട്ട് പറയുന്നു.
നിലവിലുള്ള ഘടനയുടെ നിര്മ്മാണത്തിന് മുമ്പ് ഒരു ഹിന്ദു ക്ഷേത്രം നിലനിന്നിരുന്നുവെന്നാണ് റിപ്പോര്ട്ട് വ്യക്തമാക്കുന്നത്. തൂണുകള് ഉള്പ്പെടെയുള്ള മുമ്പുണ്ടായിരുന്ന ക്ഷേത്രത്തിന്റെ ഭാഗങ്ങള് നിലവിലുള്ള ഗ്യാന്വാപി മസ്ജിദിന്റെ ഘടനകളുടെ നിര്മ്മാണത്തിനായി ഉപയോഗിച്ചിരിക്കുന്നതായും റിപ്പോര്ട്ടില് പറയുന്നു. 839 പേജുകളുള്ള റിപ്പോര്ട്ടാണ് എഎസ്ഐ സമര്പ്പിച്ചിരിക്കുന്നത്. ഹിന്ദു ദൈവങ്ങളുടെ ശില്പങ്ങള് മണ്ണിനടിയില് കണ്ടെത്തിയെന്നും റിപ്പോര്ട്ടില് പരാമര്ശമുണ്ട്. എഎസ്ഐ നടത്തിയ ശാസ്ത്രീയ സര്വേ റിപ്പോര്ട്ട് പരസ്യപ്പെടുത്താന് വാരാണാസി ജില്ലാകോടതി ഉത്തരവിട്ടതിന് പിന്നാലെയാണ് റിപ്പോര്ട്ടിലെ വിശദാംശങ്ങള് പുറത്ത് വന്നിരിക്കുന്നത്.
മസ്ജിദ് നില്ക്കുന്നിടത്ത് ക്ഷേത്രം ഉണ്ടായിരുന്നുവെന്ന് അവകാശപ്പെട്ട് ഹിന്ദു കക്ഷികള് സമര്പ്പിച്ച ഹര്ജികള് പരിഗണിക്കുമ്പോഴായിരുന്നു എഎസ്ഐ സര്വ്വേ നടത്താന് വാരണാസി ജില്ലാ കോടതി ഉത്തരവിട്ടത്. സുപ്രീം കോടതി നേരത്തെ സീല് ചെയ്ത വുസുഖാന ഒഴികെയുള്ള ജ്ഞാനവാപി പള്ളി പരിസരത്ത് ശാസ്ത്രീയ സര്വേ നടത്താനായിരുന്നു കോടതി ഉത്തരവ്. ഇതേ തുടര്ന്നായിരുന്നു എഎസ്ഐ സര്വ്വേ. സ്ഥലത്ത് ഖനനം നടത്തരുതെന്നും കെട്ടിടത്തിന് കേടുപാടുകള് വരുത്തരുതെന്നുമുള്ള നിര്ദ്ദേശത്തോടെയായിരുന്നു കോടതിയുടെ സര്വ്വേയ്ക്കുള്ള ഉത്തരവ്.